Не забываем что conf2 для изменений. Создадим в ней новый справочник.

И попробуем объединить с conf1

Мы увидим окно объединения конфигурации в котором будут показаны различия. В данном случае новый справочник.

Не в даваясь в подробности пока нажмем ОК.

Отлично в конфигурацию добавлен справочник. Попробуем еще раз. Только сначала нужно сохранить изменения. Нового нечего не будет найдено. Значит вопрос ясен. Если в новой конфигурации будет новый справочник, документ, отчет то он просто будет добавлен.